着中国高等教育体制的改革，2000年4月原复旦大学与原上海医科大学合并，成立新的复旦大学，于2001年7月27日成立复旦大学医学院，现更名为复旦大学上海医学院。学院依托综合性、研究型大学的学科优势，遵循临床与基础结合的方针，加强拓展与相关专业的交叉融合，以学科建设为根、以人才梯队建设为本，旨在培养具有科学基础宽厚、专业技能扎实、创新能力强、发展潜力大的高级医学人才。