发动机故障灯有时亮有时灭有以下几个原因造成：

1、油品质量问题。发动机的故障灯有时亮有时灭，可能和所使用的油品质量不达标有关。比如燃油不合格造成的发动机不能及时正常的工作，或者润滑油脂过稠或者过稀，造成发动机的润滑不足等。

2、汽车某个零部件或传感器处于损坏的边缘，也会出现故障灯有时亮有时灭：部件或传感器时好时坏，会出现损坏时亮故障灯，好一段时间后故障灯又会熄灭，传感器与电脑因意外情况，通讯中断一次或一段时间，电脑也会认为是故障，亮起故障灯，但之后通讯恢复，打火几次后故障灯也会自动熄灭。

3、进气不畅。如果该车辆的空气滤清器长时间未更换或没有清理，可能会出现进气的堵塞情况。当车辆需要加速行驶的过程中由于进气不足，也会造成发动机的故障灯亮起，但当处于低速工作时，故障灯往往又会熄灭。